Itinanggi ng Pilipinas nung (ika-9 ng Hulyo) ang akusasyon ng China na ang barkong pandigmaan nito na na-stranded sa pinagtatalunang Second Thomas Shoal ay sumira sa coral reef ecosystem sa lugar at sinisi ang Beijing sa pinsala sa marine environment. Sa isang pahayag, nanawagan ang National Task Force para sa West Philippine Sea ng isang independent, third-party marine scientific assessment sa mga sanhi ng pinsala sa mga coral reef sa South China Sea.
"Ang Tsina ang napag-alamang nagdulot ng hindi na mapananauli na pinsala sa mga coral reef. Ang Tsina ang nagdulot ng hindi masasabing pinsala sa kapaligiran ng dagat at nanganganib sa mga likas na tirahan at ang kabuhayan ng libu-libong mangingisdang Pilipino," sabi ng task force.
Sinabi ng Ministri ng Likas na Yaman ng Tsina sa isang ulat noong ika-8 ng Hulyo na ang barkong pandigmaan ng Pilipinas ay "iligal na napadpad" sa paligid ng Ren'ai Shoal (tinatawag na Ren'ai Reef sa Tsina) malapit sa Nansha Islands sa loob ng mahabang panahon, "malubhang nakakapinsala sa pagkakaiba-iba, katatagan at pagpapanatili ng coral reef ecosystem." Persistent".
Ang isang ulat noong nakaraang taon ng Center for Strategic and International Studies (CSIS), isang think tank na nakabase sa Washington, ay natagpuan na ang mga aktibidad sa pagtatayo ng China ay nagbaon ng higit sa 4,600 ektarya (1,861 ektarya) ng mga coral reef. Inaangkin ng China ang halos lahat ng mahahalagang daluyan ng tubig sa South China Sea. Ang Pilipinas, Brunei, Malaysia, Taiwan at Vietnam ay pawang inaangkin ang mga bahagi ng South China Sea sa pamamagitan ng daluyan ng tubig, kung saan ang kalakalan na nagkakahalaga ng $3 trilyon sa isang taon ay lumilipas.
Ngunit ang Permanent Court of Arbitration sa The Hague ay nagpasya noong 2016 na ang malawak na pag-angkin ng China sa South China Sea ay walang legal na batayan. Hindi tinatanggap ng Beijing ang desisyon. Noong nakaraang taon, sinabi ng Pilipinas na sinusuri nito ang mga legal na opsyon laban sa China, na inaakusahan ito ng pagsira sa mga coral reef sa eksklusibong economic zone nito sa South China Sea, isang singil na itinanggi ng Beijing bilang isang pagtatangka na "lumikha ng kaguluhan sa pulitika."